Fort Morgan fut aussi le site de fortifications plus tardives, qui remplacèrent l'ancien fort, devenus dès lors obsolète. Ces emplacements d'artillerie furent construits à la fin des années 1890 et au début des années 1900. Les travaux furent supervisés par le bureau des fortifications, à la tête duquel on retrouve William C. Endicott, qui fut Secrétaire d'état à la Guerre durant les années 1880.
La batterie Duportail était équipée de deux canons à affût rétractable de 12 inch ( 304,8 mm ), qui étaient le nec plus ultra de l'époque. Ils se situaient sur le deuxième niveau de cette structure en béton, les magasins à poudre et à obus étant situés en dessous. Pour avoir un aperçu desdits canons, voir les photos de la batterie Cooper à la page Fort Pickens.
La rencontre de deux générations. à gauche, le béton de la batterie Duportail, à droite les casemates en briques de l'ancien fort Morgan.
La batterie Thomas est située sur le glacis Ouest de fort Morgan. Elle était armée de deux canons de 4,7 inch ( 119,38 mm ), conçus afin d'éviter le déminage de la baie par de petites embarcations. Lesdites mines devaient être posées en cas de conflit.Suite.
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